Die Primarschule umfasst die 1. bis 6. Klasse, aufgeteilt in die Unter- und die Mittelstufe (1.–3. Klasse bzw. 4.–6. Klasse).

Die Schule Zollikon erfüllt ihren Bildungsauftrag durch die Gestaltung des Unterrichts basierend auf dem Lehrplan 21. Der Unterricht berücksichtigt den unterschiedlichen Stand der Lernfähigkeiten und die verschiedenen Bedürfnisse der Schülerinnen und Schüler durch die Differenzierung des Lernangebots. Die Primarstufe vermittelt grundlegende Kenntnisse und Fähigkeiten in verschiedenen Fächern. 

Die Schule Zollikon bietet neben dem offiziellen Fächerkanon bereits auf der Primarstufe Freifächer an. Im Sportunterricht gibt es bei uns auch immer wieder Zeitabschnitte mit Schwimmunterricht (1. – 4. Klasse) sowie ein freiwilliges Ergänzungsturnen (ab 3. Klasse). Wir setzen alles daran, bei unseren Schülerinnen und Schülern die Freude am Lernen und der Leistung zu wecken und wir streben eine ganzheitliche Entwicklung der Kinder zu gut ausgebildeten, selbständigen, gesunden und verantwortungsbewussten Persönlichkeiten an.